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thesis [2026/06/10 06:41] luca created |
thesis [2026/07/28 09:20] (current) luca [Tesi Triennale] |
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| Le proposte riportate di seguito rappresentano possibili temi di tesi. Sono possibili variazioni e personalizzazioni in base agli interessi dello studente e alle attività di ricerca in corso nel laboratorio. | Le proposte riportate di seguito rappresentano possibili temi di tesi. Sono possibili variazioni e personalizzazioni in base agli interessi dello studente e alle attività di ricerca in corso nel laboratorio. | ||
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| - | === Similarità alignment-free per sequenze biologiche: un confronto con gli approcci classici di allineamento === | ||
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| - | Descrizione | ||
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| - | L’allineamento di sequenze biologiche rappresenta uno degli strumenti fondamentali della bioinformatica per l’analisi di DNA, RNA e proteine. Tuttavia, gli algoritmi classici di allineamento presentano costi computazionali elevati quando applicati a grandi dataset genomici. | ||
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| - | Negli ultimi anni sono stati proposti numerosi approcci ‘‘alignment-free’’, basati sull’analisi di k-mer e statistiche di similarità, che permettono confronti molto più rapidi tra sequenze. | ||
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| - | L’obiettivo della tesi è studiare e confrontare metodi alignment-based e alignment-free, valutando in quali condizioni le misure alignment-free riescano ad approssimare efficacemente i risultati ottenuti dagli algoritmi classici. | ||
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| - | Attività previste | ||
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| - | * Studio degli algoritmi di allineamento classici (Needleman-Wunsch e Smith-Waterman). | ||
| - | * Studio delle principali metriche alignment-free basate su k-mer. | ||
| - | * Implementazione di strumenti di analisi in Python. | ||
| - | * Analisi di dataset biologici pubblici. | ||
| - | * Valutazione della correlazione tra score di allineamento e misure alignment-free. | ||
| - | * Produzione di grafici e report sperimentali. | ||
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| - | Competenze acquisite | ||
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| - | * Bioinformatica computazionale. | ||
| - | * Analisi di sequenze biologiche. | ||
| - | * Programmazione scientifica in Python. | ||
| - | * Analisi statistica e visualizzazione dei dati. | ||
| - | * Metodologia della ricerca scientifica. | ||
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| - | Docente di riferimento: Luca Tesei | ||
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| - | Contatti: [[mailto:luca.tesei@unicam.it|luca.tesei@unicam.it]] | ||
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| - | Oggetto dell’email: | ||
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| - | Proposta di tesi nel Laboratorio bdslab | ||
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| === Robustezza degli algoritmi di allineamento biologico in presenza di mutazioni === | === Robustezza degli algoritmi di allineamento biologico in presenza di mutazioni === | ||